Христианство проникло в Абхазию в I веке вместе с первыми христианскими проповедниками - апостолами Андреем Первозванным и Симоном Кананитом, прибывшими сюда через Каппадокию и приморский город Трапезунд. Они прошли с проповедью от южного Черноморского побережья до Себастополиса (ныне г. Сухум). Здесь их пути разошлись. Андрей Первозванный двинулся дальше, а Симон Кананит остался в Абхазии и проповедовал христианство среди абхазов. В 55 году во время гонений на христиан при императоре Диоклетиане он был убит римскими легионерами на берегу реки Псырдзхи (ныне г. Новый Афон). В IX-X веках на месте его погребения был построен храм в честь святого, который хорошо сохранился до наших дней. И сегодня в нем проходят службы, совершаются христианские таинства.

Апостолы и мученики – первые христианские проповедники
По данным церковных авторов, восточное побережье Черного моря посетили шесть апостолов. Пятеро из них были из числа двенадцати - Андрей, Симон, Матфей, Варфоломей и Иуда; и один из числа семидесяти - Фаддей. 

Христианство приносили в Абхазию и христиане-мученики, которых ссылали сюда, на окраину империи, римские власти. В IV веке, во времена борьбы с персами, в Антиохии был сформирован отряд. Среди его воинов был Орентий и шестеро его братьев. Орентий во Фракии совершил подвиг и победил в единоборстве вождя варваров. В знак милости римский император предложил ему и братьям принести благодарственную жертву языческим богам. Воины-христиане отказались и были сосланы в Сатану, где местный правитель пытался добиться от них отречения. Братья выдержали пытки, не отреклись и были сосланы в Абхазию. По дороге они один за другим погибли. Двое из них были погребены в Питиунте (ныне г. Пицунда), а один - в Зиганисе (ныне с. Гудава). 

Согласно церковному преданию, известный учитель Церкви и страстный обличитель византийского императорского двора Иоанн Златоуст в 407 году был сослан в Абхазию. По пути в Питиунт он скончался в местечке Команы (по одной из версий, близ Сухума) и был здесь погребен, позже его тело перевезли в Константинополь. 

Питиунт и Себастополис – первые христианские общины
Питиунт был первым на Кавказе очагом христианской веры и центром ее дальнейшего распространения. В IV веке здесь возникла церковная община, во главе которой стоял епископ Сафроний. В 325 году епископ Питиунта Стратофил участвовал в Первом Вселенском Соборе. Его имя упоминается во всех сохранившихся списках этого Собора. Питиунтская епископия подчинялась архиепископу Кесарии Каппадокийской, который был главой Понтийской Церкви. С IV по VII века в Пицунде были построены семь храмов - это самые ранние христианские церкви Абхазии. 

В V веке в Себастополисе (ныне г. Сухум) была образована еще одна христианская община во главе с епископом Керконием, который принял участие в работе IV Вселенского Собора. 

Император Юстиниан и автокефальная Абазгская епархия
Византийский историк Прокопий Кесарийский сообщает, что император Юстиниан послал к абазгам своего главного евнуха Евфрата, абхаза по национальности, воздвиг на территории Абхазии храм Богородицы (в Цандрыпше), прислал священников и добился того, что местные абхазские племена приняли христианский образ жизни. В Константинополе была открыта специальная школа, в которой обучали детей представителей абхазской знати. В 30-х годах VI века в Цибилиуме (ныне Цебельда), в специальном помещении, баптистерии, в крестовидной по форме крещальне, епископ Константин крестил взрослое население Абхазии. 

При прямом участии византийского императора Юстиниана была создана автокефальная Абазгская епархия с кафедрой в г. Себастополисе (ныне г. Сухум). В VI-VII веках в ведении Абазгской епархии были следующие епископские кафедры: Цандрыпшская, Пицундская, Анакопийская, Себастопольская, Цебельдинская и Гюэносская (Очамчырская). Архиепископ Абазгский напрямую подчинялся Архиепископу Константинопольскому. 

Христианская религия проникает в быт древних абхазов
В первую очередь христианскую идеологию приняла верхушка древнеабхазского общества. Погребальный обряд наглядно демонстрирует процесс смены традиционной религии на христианскую. В место погребения сородичи обычно складывали вещи, которыми человек пользовался при жизни, считалось, что они пригодятся ему и на том свете. Христианская религия запрещала это делать. Поэтому из погребений постепенно исключались сначала керамика и оружие, позднее - украшения. Этот процесс длился более ста лет после официального принятия христианства. Нательные крестики абазги и апсилы начали носить только во второй половине VI века. Тогда же появилась христианская символика на предметах быта. 

Ко времени правления Юстиниана относится большинство раннехристианских церквей Абхазии: в Цандрыпше, Дранде, Цебельде, Гюэносе (Очамчыра), Зиганисе (с.Гудава) и в других местах. 
В это же время в Абазгии оседали византийцы-отставники. Здесь они женились, обзаводились хозяйством и смешивались с местным населением. VIII-X века - время расцвета христианства в Абхазии. Все лучшие произведения храмового зодчества относятся к этому периоду. Служба в храмах велась на двух языках - греческом и абхазском. 

Христианство в раннесредневековой Абхазии
В середине VIII века предводители Абхазии направляют церковную делегацию в Антиохию, чтобы добиться независимости от Константинополя. Антиохийская Церковь не зависела от Константинопольского патриарха. Антиохии достигли лишь двое посланников, остальные погибли в пути от рук разбойников. На Соборе Антиохийской церкви было решено рукоположить одного из них, абхаза по имени Иоанн, который стал католикосом. Абхазская церковь теперь могла самостоятельно избирать католикоса и рукополагать местных священников. Вернувшись в Абхазию, католикос перенес кафедру из Себастополиса в Питиунт. Первым святым Абхазской церкви, чья святость признавалась всей Восточной Церковью, стал великомученик Евстафий. В 738 году, будучи правителем Апсилии, он был пленен арабским полководцем Сулейманом ибн-Исамом и мученически пострадал в городе Харане. Впоследствии у мощей Евстафия Апсильского происходили чудеса исцеления.

В конце X века происходит смена династий на престоле Абхазского царства, которое станет началом создания объединенного средневекового «царства абхазов и картвелов». Вместо греческого и абхазского языков в богослужение вводится грузинский язык, хотя есть сведения о локальном употреблении и абхазского, и греческого вплоть до XV века. В XI веке Анакопия оказалась в руках греков. В это время перестраивается Анакопийский храм.

В XIII-XV веках Абхазия находилась в сфере влияния Генуи. Генуэзские торговцы привлекали внимание к этим местам представителей католических монашеских орденов. Однако католическая миссия в Абхазии была безуспешна, хотя она оставила следы в традициях и культуре абхазов и других народов Кавказа. 

Первые католикосы Абхазской церкви
В 1390 году на Пицундский престол был возведен католикос Арсений. Русская церковно-историческая наука считает эту дату временем образования Абхазской церкви. Католикос был уроженцем Западной Грузии, как и все его последующие преемники. С этого момента абхазы были лишены возможности занимать не только кафедру католикоса, но и любую епископскую кафедру. Известно имя лишь одного абхаза - Чачба (Шервашидзе), который за последующие пятьсот лет стал епископом, но он занимал кафедру за пределами Абхазии. 

После падения Константинополя, в 1454 году, турецкий флот захватил город Себастополис (Сухум). С этого момента начинается период упадка христианства в Абхазии и проникновения ислама. Однако ни одна мечеть не была построена на территории Абхазии, позиции ислама не были здесь сильными, они усилились с появлением христианской России на Кавказе в связи с тем, что горские народы оказывали сопротивление ее завоевательной политике. 

Во второй половине XVI века кафедра абхазских католикосов была перенесена из Пицунды в Гелатский монастырь в Западной Грузии, а католикосы стали именоваться "Абхазскими и Имеретинскими". С XVII века их уже именовали "Имеретинскими и Абхазскими". Таким образом, престол Абхазских католикосов был захвачен выходцами из Западной Грузии, и они не позволяли взойти на него представителю абхазского народа. Это привело к тому, что абхазы стали отдаляться от Церкви, где служили на чужом языке и не понимали чаяний основной массы прихожан. 

В XVII-XVIII веках все храмы в Абхазии пришли в запустение. Их покинули верующие, ограбили и сожгли турки-мусульмане. 

XIX век: от упадка к возрождению
В 1810 году Абхазия вошла в состав Российской империи. Кавказская война привела к тому, что церковная жизнь была практически парализована. Здесь было всего три действующих храма: Пицундский, Лыхненский и Илорский. Во второй четверти XIX века остался лишь один - Илорский храм. 

В 1851 году на территории Абхазии была создана Абхазская епархия, которая вошла в состав Грузинского Экзархата Русской Православной Церкви. В 1885 году она перестала существовать. В 1869 году епископу Гавриилу, возглавлявшему Имеретинскую кафедру, было поручено управлять Абхазской епархией, и он приложил немало сил для возрождения христианства в Абхазии: открывались новые приходы, крестились люди, было построено несколько новых храмов в абхазских деревнях. 

В 1875 году русские монахи приступили к строительству в Новом Афоне собора Святого Пантелеймона, восстановили храм и основали Симоно-Кананитский монастырь, открыли монастырскую школу для абхазских мальчиков. 

В 1885 году Абхазская епархия становится Сухумской епархией и занимает большую территорию, простирающуюся от реки Ингур до Анапы. В 1917 году в состав Сухумской епархии входили 125 приходских храмов: 61 абхазский, 36 русских, 16 греческих, 4 мингрело-грузинских и 8 смешанных. На территории Абхазии у епархии было два крупных мужских монастыря (Новоафонский Симоно-Кананитский и Успенский Драндский) и два женских (Моквский Успенский и Команский Василиско-Златоустовский). Была воспитана целая плеяда образованных абхазских священников, которые занимались просвещением народа, создавали церковно-приходские школы. В начале XX века уже было около 100 таких школ по всей Абхазии. 

Смутные времена века двадцатого
В 1918 году Абхазия была оккупирована грузинскими меньшевиками. И сразу, вслед за этим, Грузинская Церковь открывает на территории Сухумской епархии свою Цхумо-Абхазскую епархию, во главе которой был поставлен епископ Амвросий (Хелая). С этого времени Сухумская епархия прекратила свое существование. С приходом большевиков почти все духовенство было выслано или истреблено, а храмы и монастыри закрыты. 

В 1943 году Русская церковь признала независимость Грузинской Церкви, а все приходские храмы на территории Абхазии были переданы в подчинение Грузинской Церкви. Была образована Сухумо-Абхазская епархия, в которой не было ни одного монастыря и функционировали всего шесть храмов. Во время грузино-абхазской войны (1992-1993 гг.) все грузинские священнослужители покинули территорию Абхазии, остались четыре священника: Виссарион Аплиа (Гудаутская церковь); протоиерей Петр (Самсонов), настоятель Лыхненского храма; священник Павел (Харченко), служивший в Гагрском храме; и игумен Виталий (Голубь), служивший в Сухумском кафедральном соборе. В 1993 году они избрали священника Виссариона Аплиа настоятелем Сухумского Кафедрального собора и представителем Сухумо-Абхазской епархии во взаимоотношениях с государством и Русской Православной Церковью.

Абхазская церковь сегодня
В послевоенный период на территории Сухумо-Абхазской епархии было открыто несколько храмов и монастырей. В 1994 году открыт Новоафонский монастырь, в 2001 – Команский. С 2002 работает Новоафонское духовное училище, а с 2003 при нем открыта Регентская школа.

За последние годы возобновлено и богослужение на абхазском языке, переиздано богослужебное Евангелие, Требник на абхазском языке, вышел диск с абхазскими церковными песнопениями.
Сегодня на территории Абхазии из 140 храмов действуют 15, функционируют два мужских монастыря.