Находки археологов свидетельствуют о довольно высокой материальной культуре жителей древней Анакопии. В III-IV вв. город считался крупнейшим торговым и ремесленным пунктом на юго-востоке Абазгии.
В период Абхазского царства VIII-XI вв. Анакопия была сначала единственной, а потом западной и культурной столицей государства. Это произошло после того, как(по свидетельству древнего историка) царь Леон II “... построил город и крепость Кутаиси и сделал (там) резиденцию царя абхазов; как и Анакопию сделал сей Кутаиси вторым стольным (городом)». С упадком Абхазского царства город теряет свое политическое значение.
В период Абхазского княжества эта местность, называемая по-абхазски Псырцха, отходит во владение княжескому роду Маан.
Жизнь снова забурлила здесь после основания Ново-Афонского монастыря. Испытывая определенный дискомфорт в Греции из-за возраставшего влияния Оттоманской порты, а также стремясь создать христианский форпост в Закавказье, русские монахи Старо-Афонского Пантелеимоновского монастыря испросили у великого князя Михаила (наместника на Кавказе) разрешение на строительство монастыря. После завершения строительства монахи развернули в Новом Афоне кипучую деятельность, благодаря которой город в основном и приобрел сегодняшний вид.
В советский период город получил типовую застройку и несколько объектов гостинично-туристического сектора, один из которых Сталинская госдача, обнесенная двухметровым забором и расположенная в самом центре города. Важнейшим событием в истории города было также открытие Ново-Афонской пещеры. Благодаря этому чуду природы город стал культовым туристическим местом.
В период Отечественной войны народа Абхазии Новый Афон был прифронтовым городом и десятки раз подвергался артиллерийским обстрелам. Именно в Афоне были сформированы одни из первых подразделений абхазской армии, а в Симоно-Кананитском монастыре был расположен военный госпиталь.
Сегодня Новый Афон один из центров туристической индустрии Абхазии.